ב-26 בנובמבר 2013 בשעות הערב נפטר אריק איינשטיין בבית החולים איכילוב בתל אביב, כתוצאה ממפרצת באבי העורקים, שהובילה לדימום פנימי כבד, דבר שהביא למותו.
למחרת פטירתו, בשעות הצהריים, הוצב ארונו בכיכר רבין בתל אביב, ונערך לו טקס פרידה. עשרות אלפים מאוהביו באו לחלוק לו כבוד אחרון, בטקס שרו חבריו המוזיקאים שלום חנוך וקורין אלאל, ונשאו דברים ראש הממשלה בנימין נתניהו, ראש עיריית תל אביב רון חולדאי, השחקן ידידו הקרוב מוני מושונוב ושרת התרבות והספורט לימור לבנת.
אריק איינשטיין הובא למנוחות בבית הקברות טרומפלדור בתל אביב. בטקס הלוויה ספד לו חברו ומחותנו, הרב אורי זוהר.
ב-26 בפברואר 2014, שלושה חודשים אחרי מותו, יצא הסינגל "אדם בחדרו", שהלחין גיא בוקאטי למילים של אברהם חלפי. השיר נכלל בהוצאה המחודשת של האלבום "משירי אברהם חלפי", שיצאה ב-11 במרץ 2014. למהדורה זו נוספו גם שני שירים שהלחין יוני רכטר והקליט איינשטיין בשנות התשעים: "ולמות" ו"על ענף", ועוד שני שירים שהקליט איינשטיין זמן קצר לפני מותו: "נותרו שנים ספורות" בלחן של בוקאטי ו"אימי" בלחן של עומר קליין. עוד נכללו בה שירים של חלפי ששר איינשטיין באלבומיו האחרים.
ב-29 באוגוסט 2014 יצא האלבום "ריח של ים" של מיקי גבריאלוב, שאת אחת הרצועות בו, "הנך יפה רעייתי", שר גבריאלוב בדואט עם איינשטיין. השיר הוקלט כסקיצה כמה חודשים לפני מותו של איינשטיין, כחלק מעבודה משותפת חדשה של איינשטיין וגבריאלוב.
לציון ארבע שנים למותו של איינשטיין עלתה לשידור סדרה תיעודית בשם "שיר אהבה סטנדרטי", הסוקרת את חייו ופועלו. הסדרה זכתה בפרס האקדמיה לטלוויזיה בקטגוריית סדרת התעודה.
עם פטירתו של איינשטיין הוחל במפעל להוצאת אלבומיו מהשנים 1969–1978 שיצאו בחברת פונודור (פונוקול) מחדש בסאונד משופר. העבודה על האלבומים הובילה לאיתור וטיפול בשירים נוספים שלא נכללו באלבומיו של איינשטיין. מתוך שירים אלה ליקט יואב קוטנר 21 שנכללו באלבום האוסף ועוד לא אמרתי הכל שיצא ביולי 2018 במסגרת פרסום המארז החגיגי "שיר שחלמתי". גולת הכותרת של האוסף החדש היה שיר שהקליט איינשטיין ב־1976 בשם "ועוד לא אמרתי הכל". השיר נוצר בתקופה שעבד איינשטיין עם אבנר קנר, שהלחין ועיבד את השיר למילותיו של המשורר נתן זך. השיר תוכנן להיות חלק מהאלבום "ארץ ישראל הישנה והטובה חלק ג'" ואף יצא כתקליט שדרים, אך נגנז.
לאחר מותו של איינשטיין הציבה עיריית תל אביב-יפו לוחית זיכרון בכניסה לביתו ברחוב חובבי ציון 40 בתל אביב.
בשנת 2013 יזמה שרת התרבות והספורט לימור לבנת את פרס אריק איינשטיין, שנועד להביע הוקרה והערכה לאמנים וותיקים ומובילים בתחומם על תרומתם החשובה לתרבות הישראלית לאורך השנים.
בסוף שנת 2015 נקרא אולם כדורסל על שמו של איינשטיין, אולם המשמש גם כאולמה הביתי של הפועל כפר סבא.
בפברואר 2017 חנכה ארקיע מטוס אמבראר שנקרא על שמו של איינשטיין.
הזמר פיטר רוט, שעבד עם איינשטיין בשנותיו האחרונות, כתב לזכרו שיר בשם "כמה שאני מתגעגע". השיר התפרסם באפריל 2016.
שיר אחר שנכתב לזכרו של איינשטיין הוא שירו של יהודה פוליקר "מאז שעזבת", שכתב פוליקר עם שימי קדוש, השיר נכלל באלבומו של פוליקר "מוזיאון החלומות" שיצא ב־2014, ומשלב הקלטות של איינשטיין מתוך ריאיון שנערך עימו.
בשנת 2020 מרכז הקהילה ואשכול הגנים דב הוז שינה את שמו ל-"מרכז הקהילה ואשכול הגנים אריק איינשטיין"- ובכך הונצח אחד האמנים התל-אביביים הבולטים שהתגוררו ופעלו בעיר העברית הראשונה…להמשך קריאה >>
